雖然國家對黑臭水的處理有統一的要求，但是不同的地方和不同的發展階段對處理有不同的要求。就太湖流域而言，應從工業、生活、農業和生態恢復等方面做好以下工作，系統治理黑臭水。

工業污染防治既要抓升級，也要抓淘汰。一是全面開展企業資源集約利用綜合評價，制定出臺差別化生態環境保護政策。企業列表的頂部將采用系統主要在環保的方式,鼓勵超低排放水平和污染物的排放總量,和底部的列表將實施改革或退出措施,合理分配要素資源,優質、高效的方式,消除所有的低端和低效的生產能力,,堅決關閉企業消耗大量的能源,排放大量的污染物,這會導致過度污染。二是全面實施重點產業升級改造，加強產業園區改造和治理。根據太湖流域最新發布的重點行業和城市污水處理廠排放限值，6個重點行業和工業園區污水處理廠如期建成。省級以上開發區應當對工業園區進行循環改造，加快建設國家或省級生態工業園區。

城市污染治理要達標，即提升標準、提質增效。一是嚴格執行城市污水處理廠排放限額，完成城市污水處理廠改造。流域內200多家污水處理廠需要制定一個處理廠和一個計劃，從工程招標、管理招標等多個角度推進工作。二是全面推進管網改造和污水達標區建設，加快推進城市污水收集、處理和達標。市政管網及其附屬設施綜合調查和測試,實現雨污水混合接觸,管道泄漏點,加快城市生活社區,村莊,城鎮,精簡鄉鎮、產業集群等排水達標區建設,包括小餐飲、洗澡、洗衣、洗,農貿市場和其他類型的所有生產和生活污水排水DaBiao區管理類別,實現傳質效率。