微生態制劑能夠通過自身的代謝活動，產生生物絮凝因子，絮凝水中的懸浮物，沉降在水底；
功能菌種產生胞外酶和活性菌膜，固定底泥，阻斷底泥中的有機物、氮磷等污染因子向水體釋放，提高水體的通明度；功能菌種以活性菌膜為平臺，自上而下逐步降解底泥中有機物和氮磷等污染物，礦化底泥，形成具活性顆粒底泥；
功能菌種將黑臭底泥降解成小分子營養物質，促進水體中浮游藻類的生長，提高水體溶氧量，同時促進其他細菌的生長繁殖，形成底泥中的微生態系統，促進以底泥為底物的二級生物鏈的形成，促生以細菌為食的原生、后生生物等浮游生物的生長，提高碳循環代謝能級；
水體中溶氧量、通明度的提高，浮游生物的豐富，為高一級濾食性生物提供了生長環境，促進其大量生長繁殖，形成第三級生物鏈；
通過以上四步對水體環境的改善，為各種魚類生長提供了條件，形成第四、五級生物鏈；
通過以上五步，解處理完成，礦化度提高，再移植苦草、金魚藻、黑藻等沉水植被，徹底形成穩定的生態系統。
